Según los informes, la víctima fue atacada a balazos por hombres armados que llegaron al lugar en una motocicleta. A pesar de que estaba acompañado de su esposa en el momento del ataque, ella resultó ilesa.
Tras el violento suceso, elementos de la Policía Municipal y de la Fiscalía General de Oaxaca acudieron al lugar para iniciar las investigaciones correspondientes. Se desconoce el paradero de los agresores, quienes huyeron después de perpetrar el crimen, dejando un clima de incertidumbre en la localidad. La ejecución de Eduardo Marcos Muñoz se suma a la preocupante ola de violencia que afecta a la región de los Valles Centrales de Oaxaca.